Seit Mitte der Fünfzigerjahre sind die sechs Evangelisch-reformierten Kirchgemeinden im Kanton Schwyz selbständige öffentlich-rechtliche Körperschaften mit dem Recht, Steuern einzuziehen. Über den Evangelisch-reformierten Kirchenverband der Zentralschweiz (vormals Diasporaverband) waren sie dem Schweizerischen Evangelischen Kirchenbund angeschlossen.

Eine Änderung der Staatsverfassung des Kantons Schwyz verlangte in den Neunzigerjahren die Schaffung einer Römisch-katholischen und einer Evangelisch-reformierten Kantonalkirche. Als erste «Staatskirche» im Kanton Schwyz entstand auf Beginn des Jahres 1998 die Evangelisch-reformierte Kantonalkirche.

Bis zur Auflösung des Evangelisch-reformierten Kirchenverbandes der Zentralschweiz auf Ende 2002 war die Kantonalkirche Schwyz Mitglied. Seit dem 1. Januar 2003 ist sie Mitglied des SEK (Schweizerischer Evangelischer Kirchenbund) und dort mit zwei Personen in der Abgeordnetenversammlung vertreten.