Seit Mitte der Fünfzigerjahre sind die sechs Evangelisch-reformierten Kirchgemeinden im Kanton Schwyz selbständige öffentlich-rechtliche Körperschaften mit dem Recht, Steuern einzuziehen. Über den Evangelisch-reformierten Kirchenverband der Zentralschweiz (vormals Diasporaverband) waren sie dem Schweizerischen Evangelischen Kirchenbund angeschlossen.

Eine Änderung der Staatsverfassung des Kantons Schwyz verlangte in den Neunzigerjahren die Schaffung einer Römisch-katholischen und einer Evangelisch-reformierten Kantonalkirche. Als erste «Staatskirche» im Kanton Schwyz entstand auf Beginn des Jahres 1998 die Evangelisch-reformierte Kantonalkirche.

Bis zur Auflösung des Evangelisch-reformierten Kirchenverbandes der Zentralschweiz auf Ende 2002 war die Kantonalkirche Schwyz Mitglied. Seit dem 1. Januar 2003 ist sie Mitglied der Evangelisch-reformierten Kirche Schweiz EKS (ehemals SEK, Schweizerischer Evangelischer Kirchenbund) und dort mit zwei Personen in der Synode (ehemals Abgeordnetenversammlung) vertreten.